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Analyses NGS avec R

CNRS Formation Entreprises
Résumé
2 Jours
800 - 900 EUR
Particuliers (Inter)

Objectifs visés

- Savoir analyser des séquences venant de reads NGS
- Savoir déterminer les ARN messagers différentiellement exprimés à l'aide de données RNA-seq
- Etre capable d'enrichir les résultats en utilisant des bases de connaissance

Contenu

Cette formation introduira les paquetages Bioconductor permettant l'analyse de données issues du séquençage nouvelle génération.

- Rappels des concepts du séquençage NGS
- Les outils d'annotation et de conversion d'identifiant (BioMart)
- L'analyse des reads et du résultat d'alignement
- L'analyse d'expression différentielle en RNA-seq
- Les techniques d'enrichissement
- L'exploitation de données mégatonniques
- Les outils de visualisation pour les NGS (GGbio, Circos...)

La fin du stage (2 h) sera consacrée à un atelier pédagogique d'analyse et de réflexion sur les données apportées par les stagiaires

Alternance de courtes présentations (50 % du temps) suivies de travaux pratiques basés sur des jeux de données réels (50 % du temps).

Public Cible

- Ingénieurs, techniciens biologistes et bioinformaticiens de formation
- Toute personne souhaitant " exploiter " des données NGS ou évaluer et reproduire les analyses présentées dans les publications scientifiques

Prérequis

Maîtrise du langage R. Avoir suivi le stage Langage R : introduction (Réf. 19273, ce catalogue) ou niveau équivalent.
Afin de vérifier que votre maîtrise du Langage R est suffisante pour pouvoir suivre ce stage, nous vous invitons à effectuer et à renvoyer le test téléchargeable ICI.

Faire une demande

 

Contact

CNRS Formation Entreprises

Avenue de la Terrasse
91190 Gif-sur-Yvette Cedex

 Afficher le numéro
cnrsformation.cnrs.fr

Organisme de formation: CNRS Formation Entreprises

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