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Quantitative proteomics: different approaches

CNRS Formation Entreprises
Résumé
4 Jours
2 000 EUR
Particuliers (Inter)

Objectifs visés

- Define the scope of quantitative approaches in proteomics
- Be aware of the different quantification strategies
- Be able to implement an experimental approach, from sample preparation to critical analysis of the data obtained

Contenu

Lectures (30 %)
- Global approaches:
. label-free quantification (DDA, DIA, pSMART)
. metabolic labeling: SILAC, dynamic SILAC, pulsed-SILAC, other metabolic labeling strategies
. chemical labeling: iTRAQ, TMT and derivatives, other labeling
- Targeted approaches: SRM / MRM, PRM (relative or absolute)
Practical training (50 %)
- Sample preparation for TMT labeling and label-free quantification
- LC-MS/MS acquisitions on the instruments (Orbitrap mass spectrometers)
Trainees can bring two samples for educational purposes (contact trainers for practical details)
Data analyses workshops (20 %)
- Presentation of the main data analysis software in quantitative proteomics
- Establishment of the analysis procedures according to the type of quantification desired (relative or absolute)
- Evaluation by trainees of different software solutions

Public cible/ Prérequis

A first experience in proteomic analysis by mass spectrometry

For example, to have taken the course « Proteins characterization by mass spectrometry » (Ref. 19134, this catalog) or equivalent level

Formation qualifiante/diplômante/certifiante?

Satisfaction survey from trainees
A certificate of training is delivered.

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Contact

CNRS Formation Entreprises

Avenue de la Terrasse
91190 Gif-sur-Yvette Cedex

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cnrsformation.cnrs.fr

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