Date de début
Objectifs visés
Prendre en main le système d’exploitation Unix / Linux (Linux signifie Unix libre). Apprendre à gérer des fichiers, extraire de l’information ou modifier les formats de fichiers via un shell Unix. Savoir utiliser des programmes appliqués à la Biologie sous Unix.
Contenu
Organisation de la formation
Partie théorique (3h30 par jour)
Caractéristiques générales du système UNIX
Utilisation du Shell
Le Shell : interpréteur de commande
Manipulation des données d’un fichier (expressions régulières, outils grep, sed, awk)
Le Shell : langage de programmation
Partie pratique (3h30 par jour)
Sur des stations LINUX, UNIX ou Macintosh :
Gestion de votre compte et password
Gestion des fichiers, filtrer les fichiers
Gérer les répertoires
Introduction à la programmation sous UNIX
Du 28 au 31 janvier 2019
4 jours / 28 heures
1600 €
(TVA 0% incluse)
Contrôle des connaissances
MOYENS PERMETTANT DE SUIVRE L’EXECUTION DE L’ACTION ET D’EN APPRECIER LES RESULTATS:
Liste d’émargement
Questionnaire de satisfaction
MODALITES D’EVALUATION :
Attestation de formation délivrée par l’Université
Aménagements particuliers
MOYENS PEDAGOGIQUES ET TECHNIQUES D’ENCADREMENT:
Ressources humaines :
Enseignant.e.s-chercheur.e.s de l’Université Paris Diderot
Ressources matérielles :
Les cours pratiques seront réalisés en salles informatique sur des
machines Linux de l’UFR Sciences du Vivant.
Supports pédagogiques format PDF sur clé USB
Public Cible
Prérequis
Technicien.ne.s, ingénieur.e.s, chercheur.e.s des entreprises et des collectivités dans le domaine des sciences du vivant.
C’est le système prioritairement utilisé par la communauté scientifique pour développer des programmes pour les biologistes. Il est déjà installé sur tous les ordinateurs Macintosh. Sous Windows 10, il est également possible d’installer le système Linux Ubuntu très facilement.
Conditions d’ouverture : 6 inscriptions minimum et 8 maximum.
Pré-requis
Savoir utiliser un ordinateur pour les fonctions simples de bureautique et l’accès à internet.
Droits de scolarité
1600 €
Compétences visées
Connaissance des notions de bases nécessaires pour utiliser le système d’exploitation Unix/Linux. Savoir utiliser un shell Unix (gestion des fichiers, extractions d’informations contenues dans des fichiers).
Savoir utiliser tous les programmes de biologie développés pour ce système d’exploitation (pour la plupart gratuits à l’inverse de ceux développés pour Windows ou Macintosh), comme par exemple Blast, Clustal, etc.
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