Date de début
Objectifs visés
Compréhension des principes de fonctionnement des technologies de séquençage haut débit et de la spécificité des différentes techniques à l’aide de quelques exemples d’applications.
Contenu
Organisation de la formation
JOUR 1 (6h)
Présentation de la formation par G. Lelandais et I. Leclercq (1h)
Méthodes de séquençage HTS (2h)
Principes de fonctionnement et spécificités des différentes techniques. Définitions (« read », « single-read », « paired-read », profondeur et couverture). Exemples d’applications.
Préparation du matériel biologique I (1h)
Extraction, contrôle de la qualité et de la quantité, contaminations. Matériel de laboratoire nécessaire. Application à la recherche d’agents pathogènes.
Préparation du matériel biologique II (2h)
Extraction, contrôle de la qualité et de la quantité, contaminations. Matériel de laboratoire nécessaire. Application à la génétique humaine.
JOUR 2 (6h)
Mise en place d’une plate-forme de séquençage HTS (1h30)
Préparer le laboratoire à un projet de séquençage. Achat d’une machine ? Laquelle choisir ? Spécifications techniques et coût. Comment réussir son installation ? Infrastructures informatiques (stockage, ressources de calculs).
Architecture d’un ordinateur (1h30)
Ressources de calculs nécessaires. Définitions importantes (le fichier FASTQ, notion de score qualité PHRED). Différents formats de fichiers (SAM, BAM, BED, VCF etc).
Appréhender l’analyse bioinformatique des données (1h30)
Présentation de différents cas d’études.
Initiation à Galaxy I (1h30)
Création d’un compte. Gestion de l’historique. Création et utilisation d’un « workflow ». Partage des données entre collaborateurs. Exemples d’application sur un jeu de données RNASeq.
JOUR 3 (3h)
Initiation à Galaxy II (1h30)
Visualisation des résultats. Différents serveurs disponibles. Forums. Groupes de discussion et tutoriaux.
Table ronde, bilan et discussions entre les participants (1h30).
Discussions scientifiques et retours de la formation animés par G. Lelandais et I. Leclercq
du 2 au 4 juin 2020
2.5 jours / 15 heures
850 €
(TVA 0% incluse)
Contrôle des connaissances
MOYENS PERMETTANT DE SUIVRE L’EXECUTION DE L’ACTION ET D’EN APPRECIER LES RESULTATS:
Liste d’émargement
Bilan, discussions scientifiques, retours de la formation et
questionnaire de satisfaction
MODALITES D’EVALUATION
Attestation de formation délivrée par l’Université
Aménagements particuliers
MOYENS PEDAGOGIQUES ET TECHNIQUES D’ENCADREMENT:
Ressources humaines :
Enseignant.e.s-chercheur.e.s de l’Université Paris Diderot +
professionnel.le.s extérieur.e.s
Ressources matérielles :
Accès au serveur de cours en ligne CloudSchool, mise à disposition de
tablette iPad pour chaque stagiaire.
Supports pédagogiques format PDF sur clé USB
Public Cible
Prérequis
Technicien.ne.s, ingénieur.e.s, chercheur.e.s en biologie expérimentale, des entreprises et des collectivités dans les domaines des sciences du vivant.
Conditions d’ouverture : 6 inscriptions minimum et 15 maximum.
Pré-requis
Connaissance des techniques de biologie moléculaire classiquement utilisées en laboratoire de biologie expérimentale.
Droits de scolarité
850 €
Compétences visées
Des cours théoriques et des démonstrations sur ordinateurs permettront aux participant.e.s :
De prendre connaissance des procédures expérimentales du séquençage haut débit (appareillage, préparation des échantillons biologiques, etc.) ainsi que des prérequis nécessaires à la mise en place d’une plate-forme de séquençage.
De prendre connaissance des différents aspects de l’analyse bioinformatique des données (définitions, différents formats de fichiers, exemples d’outils constructeurs disponibles).
De se familiariser à l’utilisation de Galaxy.
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